Microarray en Neumonía

Tema: Desarrollo de un nuevo ensayo basado en microarrays de resecuenciación de patógenos para la detección de virus del tracto respiratorio de amplio espectro en pacientes con neumonía adquirida en la comunidad.

Objetivo: Desarrollar y optimizar una nueva RPM (RPM-IVDC1) que consistía en mosaicos de detector de 224 pb correspondientes a 9 subtipos de influenza A, 11 rinovirus, 28 enterovirus y otros 38 virus respiratorios para proporcionar sensibilidades de detección individuales y simultáneas que van desde 15 a 750 copias genómicas para 16 patógenos respiratorios comunes.

Muestra: Aspirados nasofaríngeos

Tipo de ácido nucleico extraído: ARN total

Extracción de ADN

Amplificación: a partir del genoma completo

Purificación: QIAquick Kit de purificación de PCR (QIAGEN, Hilden, Alemania)

Los productos purificados se ligaron al vector pGEM-T (Promega, Madison, WI) y los plásmidos recombinantes se transformaron en E. coli.

El plásmido recombinante de TIM se linealizó con Spe I ytranscrito in vitro a partir del promotor T7 usando el sistema de producción de ARN a gran escala Ribo-MAX ™ T7 (Promega, Madison, WI).

Genes a amplificar: RPM-IVDC1

Tipo de prueba: Microarrays de ADN

Pasos

Purificación: QIAquick Kit de purificación de PCR

Hibridación: 49 ° C durante 16 h.

Numero de ciclos: GeXP 

Referencias Bibliográficas 

1. Shen H, Shi W, Wang J, Wang M, Li J, Zhang C et al. Development of a New Resequencing Pathogen Microarray Based Assay for Detection of Broad-Spectrum Respiratory Tract Viruses in Patients with Community-Acquired Pneumonia. PLoS ONE [Internet]. 2013 [cited 3 December 2017];8(9):e75704. Available from: http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0075704