PCR en la Neumonía

Tema: Comparación de muestras de esputo y muestras de aspirina nasofaríngea y de los objetivos de genes de PCR lytA y Spn9802 para PCR cuantitativa para la detección rápida de neumonía neumocócica.

Objetivo: Comparar las muestras de esputo y aspirado nasofaríngeo (NpA) y el gen de PCR se dirige a lytA y Spn9802 en ensayos de PCR cuantitativa (qPCR) para la detección rápida de la etiología neumocócica en la neumonía adquirida en la comunidad (NAC).

Muestra: Esputo y hemocultivo

Tipo de ácido nucleico que será extraído: ADN

Extracción de ADN

• Lisis: Kit de Aislamiento de Ácido Nucleico I MagNAPure Compact con un robot MagNAPure Compact (Roche Diagnostics , Mannheim, Alemania), con aproximadamente 5 minutos de tiempo práctico por muestra.
• Purificación: Kit I MagNAPure Compact.
• Separación: Kit I MagNAPure Compact.

Genes a amplificar: lytA y Spn9802.

Números de pares de bases: 352 pares de bases en M. pneumoniae, 333 pares de bases en C. pneumoniae y 233 pares de bases en L. pneumophila.

Tipo de PCR: PCR cuantitativa (qPCR).

Visualización: Electroforesis.

• Desnaturalización: Técnica de Mejuto y colaboradores.
• Hibridación: LightCycler FastStart sondas de hibridación.
• Extensión: Técnica de Mejuto y colaboradores.
• Número de ciclos: Técnica de Mejuto y colaboradores.

Referencias bibliográficas

1.Stralin K, Herrmann B, Abdeldaim G, Olcen P, Holmberg H, Molling P. Comparison of Sputum and Nasopharyngeal Aspirate Samples and of the PCR Gene Targets lytA and Spn9802 for Quantitative PCR for Rapid Detection of Pneumococcal Pneumonia. Journal of Clinical Microbiology [Internet]. 2013 [cited 3 December 2017];52(1):83-89. Available from: http://jcm.asm.org/content/52/1/83.full

Prueba de tamizaje y pruebas confirmatorias para el diagnóstico de neumonía

PRUEBA DE TAMIZAJE

La prueba de tamizaje en el caso de la neumonía sería una radiografía de tórax siendo esta la más segura en cuanto a precisión, pero también tenemos otras técnicas como medir los signos de la neumonía (dificultad de respirar, respiración acelerada) y otras técnicas más simples como la auscultación, las cuales estaría de más explicarlas. (Aun así dejo estos links para entender las técnicas mencionadas.) 1 2.

                       

PRUEBAS CONFIRMATORIAS

Una prueba confirmatoria es aquella que debe ser enviada solo en caso de sospecha de una enfermedad para como su nombre lo indica confirmar las sospechas en este caso de la neumonía.

Entre las pruebas confirmatorias tenemos

La proteína Creactiva y la velocidad de sedimentación globular (VSG): son marcadores de inflamación poco específicos para confirmar la etiología de una neumonía, las neumonías bacterianas típicas suelen presentar proteína C reactiva elevada, mientras que las atípicas y las virales suelen cursar sin alteración de la misma.

Niveles deprocalcitonina (PCT): una prohormona de la calcitonina que en algunos estudios ha demostrado tener buena sensibilidad, especificidad y valor predictivo para distinguir entre infecciones bacterianas y virales.

Hemocultivo y  cultivo de esputo: Los principales agentes bacterianos que se asocian con la neumonía son Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, y Klebsiella pneumoniae. Al igual se puede realizar un cultivo de líquido pleural si hay presencia de rodeando a los pulmones. También se puede hacer una tinción de Gram y cultivo de esputo para buscar estas bacterias o virus que están causando los síntomas.  

                                      

Gasometría arterial: se utiliza para determinar si la cantidad de sangre que llega a los pulmones es la necesaria.

                                    

 VIDEO 

                                        

Referencias bibliográficas:

1.Domecq J, Prutsky G, Lazo M, Salazar C, Montori V, Prevost Y et al. Precisión de la taquipnea y las retracciones subcostales como signos clínicos para diagnóstico de neumonía adquirida en la comunidad en niños: revisión sistemática y metaanálisis [Internet]. Scielo.org.pe. 2012 [cited 19 November 2017]. Available from: http://www.scielo.org.pe/scielo.php?pid=S1726-46342012000300007&script=sci_arttext

2.Toledo Rodríguez I, Toledo Marrero M. Neumonía adquirida en la comunidad en niños y adolescentes [Internet]. Scielo.sld.cu. 2012 [cited 19 November 2017]. Available from: http://scielo.sld.cu/scielo.php?pid=S0864-21252012000400014&script=sci_arttext&tlng=pt

3.Arguedas A, Abdelnour A, Soley C, Jimenez E, Jimenez A, Ramcharran D et al. Prospective epidemiologic surveillance of invasive pneumococcal disease and pneumonia in children in San José, Costa Rica [Internet]. Scielo.sa.cr. 2012 [cited 19 November 2017]. Available from: http://www.scielo.sa.cr/scielo.php?pid=S0001-60022012000400009&script=sci_arttext

3.Martínez R, Lisvania M, Adolfo G, Espinoza O. Streptococcus pneumoniae - Repositorio UNAN-Managua [Internet]. Repositorio.unan.edu.ni. 2015 [cited 19 November 2017]. Available from: http://repositorio.unan.edu.ni/id/eprint/1035

4.Ruidos respiratorios: MedlinePlus enciclopedia médica [Internet]. Medlineplus.gov. 2017 [cited 19 November 2017]. Available from: https://medlineplus.gov/spanish/ency/article/007535.htm

5.Begoña J, Calvo C, Meseguer Peinado M, Palomo A, Puig de la Bellacasa J. Cite a Website - Cite This For Me [Internet]. Seimc.org. 2013 [cited 19 November 2017]. Available from: https://www.seimc.org/contenidos/documentoscientificos/procedimientosmicrobiologia/seimc-procedimientomicrobiologia25.pdf

Alteraciones en la epigenética de la Neumonía

Entre los conceptos de epigenoma incluye todos aquellos procesos que alteran la expresión de genes sin cambiar la secuencia de ADN, estos cambios se van a transmitir a sus células hijas, ejemplos de estas son:

La contaminación del aire se considera un factor potencial.

El tabaquismo materno en el periodo de embarazo y lactancia aumentando el riesgo en el niño.

El hábito de fumar, este hábito afecta a uno mismo ya que el tabaco altera la inmunidad frente a la infección, afectando la modulación de las señales intra e intercelulares del epitelio y de las células inmunes, y suprimiendo la activación de importantes elementos de respuesta inmune innata y adaptativa, así se establece que el tabaco incrementa la susceptibilidad a la infección bacteriana de Streptococcus pneumoniae. 

Referencias bibliográficas

Epigenetics & Inheritance [Internet]. Learn.genetics.utah.edu. 2017 [cited 11 November 2017]. Available from: http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance/

Almirall J, Blanquer J, Bello S. Neumonía adquirida en la comunidad en fumadores. Archivos de Bronconeumología [Internet]. 2014 [cited 11 November 2017];50(6):250-254. Available from: http://www.archbronconeumol.org/es/neumonia-adquirida-comunidad-fumadores/articulo/S0300289613003530/

Romero Villalobos O, Sarmiento Sánchez D, Rodríguez Arriero D. THE PM10 POLLUTANT AND IMPACT ON HEALTH IN THE LOCALITY OF TUNJUELITO. Visíon Electrónica [Internet]. 2016 [cited 11 November 2017];10(2). Available from: http://revistas.udistrital.edu.co/ojs/index.php/visele/article/view/11741/12460`

Crisanto Barzola J, Marreros Capillo Y. Antecedentes maternos y del niño menor de 5 años relacionado a la neumonía. Hospital La Caleta. Chimbote, 2015 [Internet]. Repositorio.uns.edu.pe. 2017 [cited 11 November 2017]. Available from: http://repositorio.uns.edu.pe/handle/UNS/2591

Alteraciones de la traducción en la neumonía

El Streptococcus pneumoniae tiene una cápsula alrededor que va a formar resistencia contra varios antimicrobianos y esto se da en el proceso de la traducción cuando los genes encargados de la síntesis de polisacáridos de la capsula están organizados en un operón y permite la traducción de las proteínas WZD/wze.

Teniendo en cuenta este hecho bastante simbólico en esta patología lo que se busca es una acción que inhiba los genes o evite la interacción de las proteínas WZD/wze cuando se expresan por un plásmido y todo esto mediante péptidos de acción inhibitoria.

Gen Cap3A

Movimiento del ribosoma durante la lectura de un ARNm.

Fuentes bibliográficas 

1.Tokarz R, Briese T, Morris G, Ideh R, Chimah O, Ebruke B et al. Serotype Analysis of Streptococcus pneumoniae in Lung and Nasopharyngeal Aspirates from Children in the Gambia by MassTag PCR: Table 1. Journal of Clinical Microbiology [Internet]. 2012 [cited 3 November 2017];51(3):995-997. Available from: http://jcm.asm.org/content/51/3/995.full 
2.Domenech M, García E, Moscoso M. Crystal ball - 2011. Microbial Biotechnology [Internet]. 2011 [cited 3 November 2017];4(2):109-137. Available from: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1751-7915.2011.00294.x/full  
3. Figueiredo J. Design of strategies to prevent synthesis of S. pneumoniae capsular polysaccharide at the bacteria division septum [Internet]. Hdl.handle.net. 2017 [cited 3 November 2017]. Available from: http://hdl.handle.net/10451/10499